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biogridadmin [Current Build Statistics (3.5.185) - April 25th 2020]
statistics [2024/03/01 01:06] (current)
biogridadmin
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   * **Raw Interactions** -  Each unique combination of interactors A and B, experimental system and publication is counted as a single interaction. Reciprocal interactions (A → B and B → A) are counted twice.   * **Raw Interactions** -  Each unique combination of interactors A and B, experimental system and publication is counted as a single interaction. Reciprocal interactions (A → B and B → A) are counted twice.
   * **Non-Redundant Interactions** - Each unique combination of interactors A and B are counted as a single interaction,​ regardless of directionality, ​ experimental system and publication.   * **Non-Redundant Interactions** - Each unique combination of interactors A and B are counted as a single interaction,​ regardless of directionality, ​ experimental system and publication.
-====== Current Build Statistics (3.5.185) - May 2020 ======+====== Current Build Statistics (4.4.231) - March 2024 ======
  
 ===== Physical and Genetic Interaction Statistics ===== ===== Physical and Genetic Interaction Statistics =====
 ^  Organism ​ ^  Experiment Type  ^  Raw Interactions ​ ^  Non-Redundant Interactions ​ ^  Unique Genes  ^  Unique Publications ​ ^ ^  Organism ​ ^  Experiment Type  ^  Raw Interactions ​ ^  Non-Redundant Interactions ​ ^  Unique Genes  ^  Unique Publications ​ ^
 +|  **//Anas platyrhynchos//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  3  |  3  |  2  |
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  3  |  2  |
 |  **//​Anopheles gambiae (PEST)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//​Anopheles gambiae (PEST)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
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 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//​Arabidopsis thaliana (Columbia)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​55,848  ​|  ​48,786  ​|  ​10,500  ​| ​ 2,304  | +|  **//​Arabidopsis thaliana (Columbia)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​82,309  ​|  ​74,004  ​|  ​11,740  ​| ​ 2,364  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​350  ​|  ​282  ​|  ​304  ​|  ​154  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​362  ​|  ​294  ​|  ​322  ​|  ​164  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​56,198  ​|  ​48,981  ​|  ​10,550  ​| ​ 2,384  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​82,671  ​|  ​74,205  ​|  ​11,787  ​| ​ 2,445  |
 |  **//​Bacillus subtilis (168)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  11  |  9  |  4  | |  **//​Bacillus subtilis (168)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  11  |  9  |  4  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  11  |  9  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  11  |  9  |  4  |
-|  **//Bos taurus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​591  ​|  ​529  ​|  ​551  ​|  ​203  |+|  **//Bos taurus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​649  ​|  ​575  ​|  ​595  ​|  ​226  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​591  ​|  ​529  ​|  ​551  ​|  ​203  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​649  ​|  ​575  ​|  ​595  ​|  ​226  | 
-|  **//​Caenorhabditis elegans//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​20,124  ​|  ​19,477  ​|  ​5,405  ​|  ​205  | +|  **//​Caenorhabditis elegans//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​41,432  ​|  ​37,770  ​|  ​8,668  ​|  ​1,519  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  2,338  ​| ​ 2,271  ​| ​ 1,133  ​|  ​35  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  2,348  ​| ​ 2,281  ​| ​ 1,140  ​|  ​37  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​22,462  ​|  ​21,711  ​|  ​5,858  ​|  ​223  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​43,780  ​|  ​39,997  ​|  ​8,869  ​|  ​1,539  | 
-|  **//Candida albicans (SC5314)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,552  ​| ​ 1,323  ​|  ​943  ​|  ​170  | +|  **//Candida albicans (SC5314)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,558  ​| ​ 1,327  ​|  ​948  ​|  ​173  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​527  ​|  ​450  ​|  ​369  ​|  ​35  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​531  ​|  ​454  ​|  ​376  ​|  ​39  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,079  ​| ​ 1,749  ​| ​ 1,202  ​|  ​184  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,089  ​| ​ 1,756  ​| ​ 1,210  ​|  ​191  | 
-|  **//Canis familiaris//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​139  ​|  ​127  ​|  ​146  ​|  ​27  |+|  **//Canis familiaris//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​558  ​|  ​540  ​|  ​530  ​|  ​34  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​139  ​|  ​127  ​|  ​146  ​|  ​27  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​558  ​|  ​540  ​|  ​530  ​|  ​34  | 
-|  **//Cavia porcellus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  **//Cavia porcellus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10  ​|  ​ ​|  ​14  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10  ​|  ​ ​|  ​14  ​|  ​ |
 |  **//​Chlamydomonas reinhardtii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  17  |  16  |  19  |  4  | |  **//​Chlamydomonas reinhardtii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  17  |  16  |  19  |  4  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  19  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  19  |  4  |
-|  **//​Chlorocebus sabaeus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​19  ​|  ​17  ​|  ​21  ​|  ​ |+|  **//​Chlorocebus sabaeus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​59  ​|  ​53  ​|  ​75  ​|  ​21  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​19  ​|  ​17  ​|  ​21  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​59  ​|  ​53  ​|  ​75  ​|  ​21  | 
-|  **//​Cricetulus griseus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​60  ​|  ​59  ​|  ​73  ​|  ​14  |+|  **//​Cricetulus griseus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​67  ​|  ​64  ​|  ​80  ​|  ​19  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​60  ​|  ​59  ​|  ​73  ​|  ​14  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​67  ​|  ​64  ​|  ​80  ​|  ​19  | 
-|  **//Danio rerio//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​248  ​|  ​210  ​|  ​207  ​|  ​42  |+|  **//Danio rerio//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​506  ​|  ​464  ​|  ​461  ​|  ​50  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  71  |  65  |  66  |  31  | |  :::  |  GENETIC ​ |  71  |  65  |  66  |  31  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​319  ​|  ​272  ​|  ​263  ​|  ​71  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​577  ​|  ​526  ​|  ​517  ​|  ​79  | 
-|  **//​Dictyostelium discoideum (AX4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​33  ​|  ​20  ​|  ​25  ​|  ​ |+|  **//​Dictyostelium discoideum (AX4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​79  ​|  ​66  ​|  ​72  ​|  ​11  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  8  |  2  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  8  |  2  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​39  ​|  ​23  ​|  ​29  ​|  ​10  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​85  ​|  ​69  ​|  ​76  ​|  ​12  | 
-|  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​62,367  ​|  ​52,558  ​|  ​9,158  ​|  ​3,696  | +|  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​69,520  ​|  ​57,781  ​|  ​10,333  ​|  ​4,368  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​14,476  ​| ​ 10,141  ​| ​ 3,147  ​| ​ 4,395  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​15,348  ​| ​ 10,764  ​| ​ 3,294  ​| ​ 4,640  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​76,843  ​|  ​61,346  ​|  ​9,495  ​|  ​7,165  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​84,868  ​|  ​67,080  ​|  ​10,671  ​|  ​8,040  |
 |  **//​Emericella nidulans (FGSC A4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  65  |  57  |  57  |  3  | |  **//​Emericella nidulans (FGSC A4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  65  |  57  |  57  |  3  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  5  |  7  |  3  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  5  |  7  |  3  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  71  |  62  |  64  |  6  | |  :::  |  COMBINED ​ |  71  |  62  |  64  |  6  |
-|  **//Equus caballus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Equus caballus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//​Escherichia coli (K12/​MC4100/​BW2952)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//​Escherichia coli (K12/​MC4100/​BW2952)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ | 
-|  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,304  ​| ​ 2,122  ​| ​ 1,308  ​|  ​29  |+|  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,288  ​| ​ 2,104  ​| ​ 1,287  ​|  ​36  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  26  |  25  |  36  |  12  | |  :::  |  GENETIC ​ |  26  |  25  |  36  |  12  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,330  ​| ​ 2,146  ​| ​ 1,339  ​|  ​41  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  2,314  ​| ​ 2,128  ​| ​ 1,318  ​|  ​48  |
 |  **//​Escherichia coli (K12/​W3110)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  12,​804 ​ |  12,​801 ​ |  2,045  |  3  | |  **//​Escherichia coli (K12/​W3110)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  12,​804 ​ |  12,​801 ​ |  2,045  |  3  |
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​171,219  ​|  ​169,594  ​| ​ 3,973  ​|  ​ | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​186,493  ​|  ​184,791  ​| ​ 3,980  ​|  ​ | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​184,023  ​|  ​181,621  ​| ​ 4,063  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​199,297  ​|  ​196,815  ​| ​ 4,068  |  8  | 
-|  **//Gallus gallus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​515  ​|  ​438  ​|  ​414  ​|  ​99  |+|  **//Felis Catus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  5  |  1  |  2  |  5  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  5  |  1  |  2  ​|  ​ | 
 +|  **//Gallus gallus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​561  ​|  ​478  ​|  ​452  ​|  ​117  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  13  |  10  |  15  |  10  | |  :::  |  GENETIC ​ |  13  |  10  |  15  |  10  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​528  ​|  ​447  ​|  ​422  ​|  ​108  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​574  ​|  ​487  ​|  ​460  ​|  ​126  |
 |  **//Glycine max//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  46  |  40  |  45  |  8  | |  **//Glycine max//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  46  |  40  |  45  |  8  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  46  |  40  |  45  |  8  | |  :::  |  COMBINED ​ |  46  |  40  |  45  |  8  |
-|  **//​Hepatitus C Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​255  ​|  ​178  ​|  ​180  ​|  ​42  |+|  **//​Hepatitus C Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​613  ​|  ​492  ​|  ​493  ​|  ​57  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​255  ​|  ​178  ​|  ​180  ​|  ​42  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​613  ​|  ​492  ​|  ​493  ​|  ​57  | 
-|  **//Homo sapiens//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​564,789  ​|  ​424,074  ​|  ​24,774  ​|  ​31,345  | +|  **//Homo sapiens//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,278,854  ​|  ​970,420  ​|  ​28,023  ​|  ​38,121  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​9,121  ​|  ​8,995  ​|  ​3,731  ​|  ​348  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​18,966  ​|  ​18,476  ​|  ​7,441  ​|  ​399  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​573,910  ​|  ​432,369  ​|  ​25,221  ​|  ​31,484  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,297,820  ​|  ​987,179  ​|  ​28,463  ​|  ​38,294  | 
-|  **//Human Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​269  ​|  ​208  ​|  ​174  ​|  ​50  |+|  **//Human Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​326  ​|  ​250  ​|  ​202  ​|  ​71  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  7  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  7  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​275  ​|  ​213  ​|  ​179  ​|  ​50  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​332  ​|  ​255  ​|  ​207  ​|  ​71  |
 |  **//Human Herpesvirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  12  |  6  |  10  |  5  | |  **//Human Herpesvirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  12  |  6  |  10  |  5  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  12  |  6  |  10  |  5  | |  :::  |  COMBINED ​ |  12  |  6  |  10  |  5  |
-|  **//Human Herpesvirus 3//**  |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Human Herpesvirus 3//**  |  PHYSICAL ​ |  ​16  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​16  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ | 
-|  **//Human Herpesvirus 4//**  |  PHYSICAL ​ |  ​429  ​|  ​326  ​|  ​323  ​|  ​47  |+|  **//Human Herpesvirus 4//**  |  PHYSICAL ​ |  ​680  ​|  ​544  ​|  ​505  ​|  ​59  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​429  ​|  ​326  ​|  ​323  ​|  ​47  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​680  ​|  ​544  ​|  ​505  ​|  ​59  | 
-|  **//Human Herpesvirus 5//**  |  PHYSICAL ​ |  ​149  ​|  ​108  ​|  ​121  ​|  ​28  |+|  **//Human Herpesvirus 5//**  |  PHYSICAL ​ |  ​202  ​|  ​134  ​|  ​146  ​|  ​41  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​149  ​|  ​108  ​|  ​121  ​|  ​28  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​202  ​|  ​134  ​|  ​146  ​|  ​41  |
 |  **//Human Herpesvirus 6A//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  11  |  8  |  12  |  7  | |  **//Human Herpesvirus 6A//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  11  |  8  |  12  |  7  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 107: Line 113:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Human Herpesvirus 8//**  |  PHYSICAL ​ |  ​779  ​|  ​693  ​|  ​716  ​|  ​42  |+|  **//Human Herpesvirus 8//**  |  PHYSICAL ​ |  ​1,011  ​|  ​901  ​|  ​890  ​|  ​49  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​779  ​|  ​693  ​|  ​716  ​|  ​42  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,011  ​|  ​901  ​|  ​890  ​|  ​49  | 
-|  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  2,058  ​| ​ 1,338  ​| ​ 1,146  ​|  ​362  |+|  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  2,533  ​| ​ 1,737  ​| ​ 1,443  ​|  ​401  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,059  ​| ​ 1,338  ​| ​ 1,146  ​|  ​363  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,534  ​| ​ 1,737  ​| ​ 1,443  ​|  ​402  | 
-|  **//Human Immunodeficiency Virus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​89  ​| ​ 80  |  63  |  ​13  |+|  **//Human Immunodeficiency Virus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​91  ​| ​ 80  |  63  |  ​14  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​89  ​| ​ 80  |  63  |  ​13  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​91  ​| ​ 80  |  63  |  ​14  | 
-|  **//Human papillomavirus (10)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Human papillomavirus (10)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | 
-|  **//Human papillomavirus (16)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​263  ​|  ​188  ​|  ​175  ​|  ​28  |+|  **//Human papillomavirus (16)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​660  ​|  ​511  ​|  ​484  ​|  ​41  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​263  ​|  ​188  ​|  ​175  ​|  ​28  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​660  ​|  ​511  ​|  ​484  ​|  ​41  | 
-|  **//Human papillomavirus (6b)//**  |  PHYSICAL ​ |  ​20  ​|  ​20  ​|  ​22  ​|  ​ |+|  **//Human papillomavirus (32)//**  |  PHYSICAL ​ |  ​62  ​|  ​58  ​|  ​57  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​20  ​|  ​20  ​|  ​22  ​| ​ 2  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​62  ​|  ​58  ​|  ​57  |  1  | 
 +|  **//Human papillomavirus (5)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  146  |  132  |  128  ​| ​ 2  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  146  |  132  |  128  |  2  | 
 +|  **//Human papillomavirus (6b)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  592  |  581  |  459  |  4  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  592  |  581  |  459  |  4  | 
 +|  **//Human papillomavirus (7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  **//Human papillomavirus (9)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  96  |  87  |  84  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  96  |  87  |  84  |  1  |
 |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Macaca mulatta//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​23  ​|  ​14  ​|  ​17  ​|  ​14  |+|  **//Macaca mulatta//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​316  ​|  ​305  ​|  ​310  ​|  ​19  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​23  ​|  ​14  ​|  ​17  ​|  ​14  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​316  ​|  ​305  ​|  ​310  ​|  ​19  |
 |  **//​Meleagris gallopavo//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  2  |  2  |  1  | |  **//​Meleagris gallopavo//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  2  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  2  |  2  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  2  |  2  |  2  |  1  |
-|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,106  ​|  ​1,051  ​|  ​987  ​|  ​64  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,106  ​|  ​1,051  ​|  ​987  ​|  ​64  |
 |  **//​Monodelphis domestica//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  4  |  2  |  3  |  1  | |  **//​Monodelphis domestica//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  4  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  2  |  3  |  1  |
-|  **//Mus musculus//**  |  PHYSICAL ​ |  ​79,​724 ​ ​|  ​72,​394 ​ ​|  ​15,​939 ​ ​|  ​4,138  | +|  **//Murid Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
-|  :::  |  GENETIC ​ |  388  |  343  |  348  |  197  | +
-|  :::  |  COMBINED ​ |  80,​112 ​ |  72,​659 ​ |  15,​982 ​ |  4,276  | +
-|  **//​Mycobacterium tuberculosis (H37Rv)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  15  |  12  |  15  |  5  |+
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​15  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​1  | 
-|  **//​Neurospora crassa (OR74A)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​11  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |+|  **//Mus musculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  100,​204 ​ |  91,​546 ​ |  18,​144 ​ |  4,694  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  938  |  890  |  833  |  209  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  101,​142 ​ |  92,​351 ​ |  18,​282 ​ |  4,842  | 
 +|  **//​Mycobacterium tuberculosis (H37Rv)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  24  |  20  |  25  |  7  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  24  |  20  |  25  |  7  | 
 +|  **//Myotis lucifugus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  **//​Neurospora crassa (OR74A)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​33  ​|  ​32  ​|  ​35  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​11  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​33  ​|  ​32  ​|  ​35  ​|  ​ |
 |  **//​Nicotiana tomentosiformis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  2  |  1  | |  **//​Nicotiana tomentosiformis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  2  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  2  |  2  |  1  |
-|  **//​Oryctolagus cuniculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​364  ​|  ​321  ​|  ​330  ​|  ​67  |+|  **//​Oryctolagus cuniculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​385  ​|  ​340  ​|  ​350  ​|  ​74  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​364  ​|  ​321  ​|  ​330  ​|  ​67  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​385  ​|  ​340  ​|  ​350  ​|  ​74  | 
-|  **//Oryza sativa (Japonica)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​346  ​|  ​330  ​|  ​314  ​|  ​21  |+|  **//Oryza sativa (Japonica)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​364  ​|  ​344  ​|  ​328  ​|  ​23  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​348  ​|  ​332  ​|  ​314  ​|  ​21  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​366  ​|  ​346  ​|  ​328  ​|  ​23  |
 |  **//Ovis aries//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Ovis aries//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Pan troglodytes//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//Pan troglodytes//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​49  ​|  ​48  ​|  ​54  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​49  ​|  ​48  ​|  ​54  ​|  ​ | 
-|  **//​Pediculus humanus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//​Pediculus humanus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | 
-|  **//​Plasmodium falciparum (3D7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,545  ​| ​ 2,508  ​| ​ 1,227  ​|  ​ |+|  **//​Plasmodium falciparum (3D7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,552  ​| ​ 2,511  ​| ​ 1,232  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,545  ​| ​ 2,508  ​| ​ 1,227  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,552  ​| ​ 2,511  ​| ​ 1,232  ​|  ​ | 
-|  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​8,167  ​|  ​6,928  ​|  ​4,249  ​| ​ 1,226  |+|  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10,571  ​|  ​9,167  ​|  ​5,080  ​| ​ 1,387  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  19  |  19  |  31  |  12  | |  :::  |  GENETIC ​ |  19  |  19  |  31  |  12  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​8,186  ​|  ​6,938  ​|  ​4,259  ​| ​ 1,229  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10,590  ​|  ​9,177  ​|  ​5,090  ​| ​ 1,390  |
 |  **//Ricinus communis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  5  |  2  |  3  |  2  | |  **//Ricinus communis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  5  |  2  |  3  |  2  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  5  |  2  |  3  |  2  | |  :::  |  COMBINED ​ |  5  |  2  |  3  |  2  |
-|  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​174,440  ​|  ​116,209  ​| ​ 7,074  ​|  ​9,620  | +|  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​252,946  ​|  ​172,715  ​| ​ 7,188  ​|  ​10,783  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​578,095  ​|  ​442,228  ​| ​ 5,962  ​|  ​9,317  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​596,276  ​|  ​455,255  ​| ​ 5,979  ​|  ​10,383  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​752,535  ​|  ​544,821  ​| ​ 7,329  ​|  ​15,907  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​849,222  ​|  ​609,756  ​| ​ 7,405  ​|  ​17,718  | 
-|  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​17,552  ​|  ​13,121  ​| ​ 3,571  ​| ​ 1,625  | +|  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​19,221  ​|  ​14,637  ​| ​ 3,844  ​| ​ 1,691  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  62,311  ​| ​ 52,445  ​| ​ 3,627  ​| ​ 2,003  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  62,702  ​| ​ 52,774  ​| ​ 3,645  ​| ​ 2,058  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​79,863  ​|  ​64,424  ​| ​ 4,651  ​| ​ 2,874  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​81,923  ​|  ​66,238  ​| ​ 4,755  ​| ​ 2,982  |
 |  **//​Selaginella moellendorffii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  8  |  6  |  5  |  1  | |  **//​Selaginella moellendorffii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  8  |  6  |  5  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  10  |  8  |  6  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  10  |  8  |  6  |  1  |
-|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​326  ​|  ​222  ​|  ​134  ​|  ​47  |+|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​2,446  ​|  ​1,934  ​|  ​1,547  ​|  ​282  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​326  ​|  ​222  ​|  ​134  ​|  ​47  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,446  ​|  ​1,934  ​|  ​1,547  ​|  ​282  | 
-|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​367  ​|  ​341  ​|  ​363  ​|  ​19  |+|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​39,​793 ​ ​|  ​26,​681 ​ ​|  ​7,032  ​|  ​1,263  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​367  ​|  ​341  ​|  ​363  ​|  ​19  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​39,​793 ​ ​|  ​26,​681 ​ ​|  ​7,032  ​|  ​1,263  | 
-|  **//Simian Immunodeficiency Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​34  ​|  ​16  ​|  ​19  ​|  ​16  |+|  **//Simian Immunodeficiency Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​37  ​|  ​18  ​|  ​21  ​|  ​18  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​34  ​|  ​16  ​|  ​19  ​|  ​16  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​37  ​|  ​18  ​|  ​21  ​|  ​18  | 
-|  **//Simian Virus 40//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​11  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Simian Virus 40//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​18  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​13  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​11  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​18  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​13  |
 |  **//Solanum lycopersicum//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  137  |  107  |  44  |  8  | |  **//Solanum lycopersicum//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  137  |  107  |  44  |  8  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  4  |  4  |  4  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  4  |  4  |  4  |  1  |
Line 203: Line 227:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  5  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  5  |  3  |
 +|  **//Sorghum bicolor//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  16  |  9  |  6  |  1  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  16  |  9  |  6  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 209: Line 236:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  17  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  17  |  3  |
-|  **//Sus scrofa//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​94  ​|  ​88  ​|  ​106  ​|  ​35  |+|  **//Sus scrofa//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​116  ​|  ​104  ​|  ​125  ​|  ​45  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​94  ​|  ​88  ​|  ​106  ​|  ​35  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​116  ​|  ​104  ​|  ​125  ​|  ​45  |
 |  **//Tobacco Mosaic Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  3  |  1  | |  **//Tobacco Mosaic Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 218: Line 245:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  4  |  4  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  4  |  4  |  4  |
-|  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​18  ​|  ​10  ​|  ​13  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​18  ​|  ​10  ​|  ​13  ​|  ​ |
 |  **//Vitis vinifera//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Vitis vinifera//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Xenopus laevis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,421  ​|  ​1,256  ​| ​ 1,152  ​|  ​233  |+|  **//Xenopus laevis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​2,452  ​|  ​2,057  ​| ​ 1,580  ​|  ​272  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  7  |  7  |  10  |  3  | |  :::  |  GENETIC ​ |  7  |  7  |  10  |  3  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,428  ​|  ​1,263  ​| ​ 1,162  ​|  ​236  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,459  ​|  ​2,064  ​| ​ 1,589  ​|  ​275  |
 |  **//Zea mays//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  13  |  21  |  9  | |  **//Zea mays//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  13  |  21  |  9  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  13  |  21  |  9  | |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  13  |  21  |  9  |
-|  **//All Organisms//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​975,768  ​|  ​747,372  ​|  ​73,941  ​|  ​50,802  | +|  **//All Organisms//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,843,877  ​|  ​1,416,​813 ​ ​|  ​84,081  ​|  ​61,356  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​838,414  ​|  ​686,356  ​|  ​22,150  ​|  ​16,368  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​883,522  ​|  ​725,556  ​|  ​26,541  ​|  ​17,802  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,814,182  ​|  ​1,415,932  ​|  ​78,567  ​|  ​62,046  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,727,399  ​|  ​2,118,782  ​|  ​88,325  ​|  ​73,533  |
  
 ===== Chemical Interaction Statistics ===== ===== Chemical Interaction Statistics =====
Line 241: Line 268:
 |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  5  |  2  |  2  |  3  |  2  | |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  5  |  2  |  2  |  3  |  2  |
 |  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  1,590  |  834  |  287  |  137  |  583  | |  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  1,590  |  834  |  287  |  137  |  583  |
-|  **//Homo sapiens//​** ​ |  ​25,841  ​|  ​10,854  ​| ​ 2,183  ​|  ​8,944  ​|  ​4,593  |+|  **//Homo sapiens//​** ​ |  ​28,619  ​|  ​12,296  ​| ​ 2,294  ​|  ​9,543  ​|  ​5,854  |
 |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  65  |  24  |  3  |  24  |  21  | |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  65  |  24  |  3  |  24  |  21  |
 |  **//Human Herpesvirus 4//**  |  10  |  3  |  3  |  6  |  3  | |  **//Human Herpesvirus 4//**  |  10  |  3  |  3  |  6  |  3  |
 |  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  105  |  53  |  2  |  48  |  53  | |  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  105  |  53  |  2  |  48  |  53  |
 |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  8  |  4  |  1  |  2  |  4  | |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  8  |  4  |  1  |  2  |  4  |
 +|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  18  |  18  |  5  |  12  |  18  |
 |  **//Mus musculus//​** ​ |  2  |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Mus musculus//​** ​ |  2  |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  **//​Mycobacterium tuberculosis (CDC1551)//​** ​ |  3  |  3  |  3  |  1  |  3  | |  **//​Mycobacterium tuberculosis (CDC1551)//​** ​ |  3  |  3  |  3  |  1  |  3  |
Line 253: Line 281:
 |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  2  |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  2  |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  7  |  7  |  2  |  2  |  7  | |  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  7  |  7  |  2  |  2  |  7  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  30  |  30  |  7  |  22  |  29  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  225  |  214  |  12  |  125  |  198  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  82  |  72  |  8  |  11  |  29  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  82  |  72  |  8  |  11  |  29  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA334)//​** ​ |  61  |  26  |  10  |  18  |  19  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA334)//​** ​ |  61  |  26  |  10  |  18  |  19  |
 |  **//​Synechococcus elongatus (PCC6301)//​** ​ |  4  |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//​Synechococcus elongatus (PCC6301)//​** ​ |  4  |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  21  |  11  |  2  |  3  |  11  | |  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  21  |  11  |  2  |  3  |  11  |
-|  **//All Organisms//​** ​ |  ​28,093  ​|  ​12,015  ​| ​ 2,572  ​| ​ 9,219  ​|  ​5,173  |+|  **//All Organisms//​** ​ |  ​31,144  ​|  ​13,719  ​| ​ 2,707  ​| ​ 9,952  ​|  ​6,597  |
  
 ===== Post Translational Modification (PTM) Statistics ===== ===== Post Translational Modification (PTM) Statistics =====
Line 278: Line 308:
 |  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  1  | |  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  1  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 7  |  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​3,534  ​|  ​3,534  ​| ​ 7  |  ​3,343  ​|  ​1,045  ​|  ​ | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 11  |  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​3,534  ​|  ​3,534  ​| ​ 11  |  ​3,343  ​|  ​1,047  ​|  ​ |
 |  **//Gallus gallus//​** ​ |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Gallus gallus//​** ​ |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
Line 288: Line 318:
 |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  | |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  |
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  28  |  0  |  28  |  7  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  28  |  0  |  28  |  7  |
-|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 1,093  |  0  |  ​903  ​|  ​75  |+|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​2,835  ​|  ​2,835  ​| ​ 1,093  ​| ​ 1,605  |  1,282  |  76  | 
 +|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  49,​613 ​ |  45,​405 ​ ​| ​ 0  |  ​14,​434 ​ |  4,597  ​|  ​ |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  4,392  |  0  |  2,317  |  330  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  4,392  |  0  |  2,317  |  330  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​705,673  ​|  ​383,699  ​| ​ 39,​038 ​ |  ​54,962  ​|  ​11,895  ​| ​ 3,118  | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​901,514  ​|  ​436,834  ​| ​ 39,​038 ​ |  ​62,095  ​|  ​12,523  ​| ​ 3,125  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​705,673  ​|  ​383,699  ​| ​ 45,​249 ​ |  ​54,962  ​|  ​12,022  ​| ​ 3,408  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​953,962  ​|  ​485,074  ​| ​ 45,​249 ​ |  ​63,685  ​|  ​13,034  ​| ​ 3,417  |
 |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  3  |  4  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  3  |  4  |
Line 310: Line 341:
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  43  |  0  |  42  |  2  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  43  |  0  |  42  |  2  |
 |  :::  |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  7  |  0  |  6  |  5  | |  :::  |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  7  |  0  |  6  |  5  |
-|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 49  |  ​ ​|  ​41  ​|  ​39  |+|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​222  ​|  ​222  ​| ​ 49  |  ​173  ​|  ​208  ​|  ​40  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  34,​482 ​ |  34,​482 ​ |  737  |  13,​810 ​ |  3,872  |  444  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  34,​482 ​ |  34,​482 ​ |  737  |  13,​810 ​ |  3,872  |  444  |
 |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  | |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  34,482  ​| ​ 34,482  ​| ​ 847  |  13,810  ​|  ​3,901  ​|  ​484  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  34,704  ​| ​ 34,704  ​| ​ 847  |  13,929  ​|  ​4,009  ​|  ​485  |
 |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  6  |  0  |  6  |  6  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  6  |  0  |  6  |  6  |
Line 321: Line 352:
 |  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  42,​907 ​ |  19,​981 ​ |  0  |  3,165  |  3,165  |  528  | |  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  42,​907 ​ |  19,​981 ​ |  0  |  3,165  |  3,165  |  528  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1,438  |  0  |  818  |  67  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1,438  |  0  |  818  |  67  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​34,338  ​| ​ 20,019  ​| ​ 9,736  |  2,549  ​| ​ 3,678  ​|  ​215  | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​35,651  ​| ​ 20,308  ​| ​ 9,736  |  2,574  ​| ​ 3,686  ​|  ​216  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​77,245  ​| ​ 40,000  ​| ​ 11,​184 ​ |  3,918  ​| ​ 4,499  ​|  ​802  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​78,558  ​| ​ 40,289  ​| ​ 11,​184 ​ |  3,928  ​| ​ 4,501  ​|  ​803  |
 |  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  | |  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHOSPHORYLATION ​ |  79  |  50  |  0  |  6  |  4  |  3  |
 +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  106  |  106  |  0  |  20  |  9  |  1  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  185  |  156  |  0  |  20  |  9  |  4  |
 |  **//Xenopus laevis//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  **//Xenopus laevis//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
Line 330: Line 364:
 |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  | |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  |
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  71  |  0  |  70  |  8  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  71  |  0  |  70  |  8  |
-|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 1,113  |  ​ ​|  ​916  ​|  ​84  | +|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​2,835  ​|  ​2,835  ​| ​ 1,113  |  ​1,605  ​|  ​1,295  ​|  ​85  | 
-|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  ​42,907  ​|  ​19,981  ​| ​ 0  |  ​3,165  ​|  ​3,165  ​|  ​528  | +|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  ​92,599  ​|  ​65,436  ​| ​ 0  |  ​17,605  ​|  ​7,766  ​|  ​532  | 
-|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 5,898  |  ​ ​| ​ 3,195  ​|  ​433  | +|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​222  ​|  ​222  ​| ​ 5,898  |  ​173  ​| ​ 3,362  ​|  ​434  | 
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​774,493  ​|  ​438,200  ​| ​ 49,​605 ​ |  ​71,321  ​|  ​19,522  ​| ​ 3,741  |+|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​975,287  ​|  ​495,264  ​| ​ 49,​605 ​ |  ​81,842  ​|  ​21,205  ​| ​ 3,750  |
 |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  | |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​817,400  ​|  ​458,181  ​| ​ 57,​396 ​ |  ​72,690  ​|  ​20,513  ​| ​ 4,643  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,070,​943 ​ ​|  ​563,757  ​| ​ 57,​396 ​ |  ​84,905  ​|  ​22,682  ​| ​ 4,656  |
  
 **Note:** Individual organism counts listed above may total to more than the values in ALL Organisms due to some interactions being counted multiple times due to cross species interactions. **Note:** Individual organism counts listed above may total to more than the values in ALL Organisms due to some interactions being counted multiple times due to cross species interactions.
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