Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
statistics [2020/06/01 00:58]
biogridadmin
statistics [2024/04/30 21:47] (current)
biogridadmin
Line 4: Line 4:
   * **Raw Interactions** -  Each unique combination of interactors A and B, experimental system and publication is counted as a single interaction. Reciprocal interactions (A → B and B → A) are counted twice.   * **Raw Interactions** -  Each unique combination of interactors A and B, experimental system and publication is counted as a single interaction. Reciprocal interactions (A → B and B → A) are counted twice.
   * **Non-Redundant Interactions** - Each unique combination of interactors A and B are counted as a single interaction,​ regardless of directionality, ​ experimental system and publication.   * **Non-Redundant Interactions** - Each unique combination of interactors A and B are counted as a single interaction,​ regardless of directionality, ​ experimental system and publication.
-====== Current Build Statistics (3.5.186) - June 2020 ====== +====== Current Build Statistics (4.4.233) - May 2024 ======
  
 ===== Physical and Genetic Interaction Statistics ===== ===== Physical and Genetic Interaction Statistics =====
 ^  Organism ​ ^  Experiment Type  ^  Raw Interactions ​ ^  Non-Redundant Interactions ​ ^  Unique Genes  ^  Unique Publications ​ ^ ^  Organism ​ ^  Experiment Type  ^  Raw Interactions ​ ^  Non-Redundant Interactions ​ ^  Unique Genes  ^  Unique Publications ​ ^
 +|  **//Anas platyrhynchos//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  3  |  3  |  2  |
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  3  |  2  |
 |  **//​Anopheles gambiae (PEST)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//​Anopheles gambiae (PEST)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 15: Line 17:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//​Arabidopsis thaliana (Columbia)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​55,848  ​|  ​48,786  ​|  ​10,500  ​| ​ 2,304  | +|  **//​Arabidopsis thaliana (Columbia)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​82,309  ​|  ​74,004  ​|  ​11,740  ​| ​ 2,364  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​350  ​|  ​282  ​|  ​304  ​|  ​154  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​362  ​|  ​294  ​|  ​322  ​|  ​164  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​56,198  ​|  ​48,981  ​|  ​10,550  ​| ​ 2,384  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​82,671  ​|  ​74,205  ​|  ​11,787  ​| ​ 2,445  |
 |  **//​Bacillus subtilis (168)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  11  |  9  |  4  | |  **//​Bacillus subtilis (168)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  11  |  9  |  4  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  11  |  9  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  11  |  9  |  4  |
-|  **//Bos taurus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​601  ​|  ​536  ​|  ​555  ​|  ​205  |+|  **//Bos taurus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​653  ​|  ​579  ​|  ​600  ​|  ​228  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​601  ​|  ​536  ​|  ​555  ​|  ​205  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​653  ​|  ​579  ​|  ​600  ​|  ​228  | 
-|  **//​Caenorhabditis elegans//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​20,124  ​|  ​19,477  ​|  ​5,405  ​|  ​205  | +|  **//​Caenorhabditis elegans//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​44,435  ​|  ​39,683  ​|  ​8,944  ​|  ​1,524  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  2,338  ​| ​ 2,271  ​| ​ 1,133  ​|  ​35  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  2,361  ​| ​ 2,294  ​| ​ 1,150  ​|  ​38  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​22,462  ​|  ​21,711  ​|  ​5,858  ​|  ​223  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​46,796  ​|  ​41,922  ​|  ​9,131  ​|  ​1,545  | 
-|  **//Candida albicans (SC5314)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,554  ​| ​ 1,325  ​|  ​945  ​|  ​171  | +|  **//Candida albicans (SC5314)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,558  ​| ​ 1,327  ​|  ​948  ​|  ​173  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​527  ​|  ​450  ​|  ​369  ​|  ​35  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​531  ​|  ​454  ​|  ​376  ​|  ​39  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,081  ​| ​ 1,751  ​| ​ 1,204  ​|  ​185  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,089  ​| ​ 1,756  ​| ​ 1,210  ​|  ​191  | 
-|  **//Canis familiaris//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​140  ​|  ​128  ​|  ​148  ​|  ​28  |+|  **//Canis familiaris//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​558  ​|  ​540  ​|  ​530  ​|  ​34  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​140  ​|  ​128  ​|  ​148  ​|  ​28  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​558  ​|  ​540  ​|  ​530  ​|  ​34  | 
-|  **//Cavia porcellus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  **//Cavia porcellus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10  ​|  ​ ​|  ​14  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​11  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10  ​|  ​ ​|  ​14  ​|  ​ |
 |  **//​Chlamydomonas reinhardtii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  17  |  16  |  19  |  4  | |  **//​Chlamydomonas reinhardtii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  17  |  16  |  19  |  4  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  19  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  19  |  4  |
-|  **//​Chlorocebus sabaeus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​20  ​|  ​18  ​|  ​23  ​|  ​ |+|  **//​Chlorocebus sabaeus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​60  ​|  ​54  ​|  ​77  ​|  ​22  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​20  ​|  ​18  ​|  ​23  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​60  ​|  ​54  ​|  ​77  ​|  ​22  | 
-|  **//​Cricetulus griseus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​63  ​|  ​61  ​|  ​77  ​|  ​16  |+|  **//​Cricetulus griseus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​67  ​|  ​64  ​|  ​80  ​|  ​19  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​63  ​|  ​61  ​|  ​77  ​|  ​16  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​67  ​|  ​64  ​|  ​80  ​|  ​19  | 
-|  **//Danio rerio//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​248  ​|  ​210  ​|  ​207  ​|  ​42  | +|  **//Danio rerio//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​509  ​|  ​467  ​|  ​466  ​|  ​52  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​71  ​|  ​65  ​|  ​66  ​|  ​31  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​72  ​|  ​66  ​|  ​68  ​|  ​32  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​319  ​|  ​272  ​|  ​263  ​|  ​71  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​581  ​|  ​529  ​|  ​522  ​|  ​81  | 
-|  **//​Dictyostelium discoideum (AX4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​33  ​|  ​20  ​|  ​25  ​|  ​ |+|  **//​Dictyostelium discoideum (AX4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​79  ​|  ​66  ​|  ​72  ​|  ​11  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  8  |  2  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  8  |  2  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​39  ​|  ​23  ​|  ​29  ​|  ​10  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​85  ​|  ​69  ​|  ​76  ​|  ​12  | 
-|  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​62,367  ​|  ​52,558  ​|  ​9,158  ​|  ​3,696  | +|  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​80,835  ​|  ​68,663  ​|  ​11,094  ​|  ​4,376  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​14,476  ​| ​ 10,141  ​| ​ 3,147  ​| ​ 4,395  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​15,348  ​| ​ 10,764  ​| ​ 3,294  ​| ​ 4,640  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​76,843  ​|  ​61,346  ​|  ​9,495  ​|  ​7,165  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​96,183  ​|  ​77,953  ​|  ​11,367  ​|  ​8,048  |
 |  **//​Emericella nidulans (FGSC A4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  65  |  57  |  57  |  3  | |  **//​Emericella nidulans (FGSC A4)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  65  |  57  |  57  |  3  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  5  |  7  |  3  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  5  |  7  |  3  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  71  |  62  |  64  |  6  | |  :::  |  COMBINED ​ |  71  |  62  |  64  |  6  |
-|  **//Equus caballus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Equus caballus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//​Escherichia coli (K12/​MC4100/​BW2952)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//​Escherichia coli (K12/​MC4100/​BW2952)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ | 
-|  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,304  ​| ​ 2,122  ​| ​ 1,308  ​|  ​29  |+|  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,290  ​| ​ 2,106  ​| ​ 1,290  ​|  ​37  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  26  |  25  |  36  |  12  | |  :::  |  GENETIC ​ |  26  |  25  |  36  |  12  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,330  ​| ​ 2,146  ​| ​ 1,339  ​|  ​41  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,316  ​| ​ 2,130  ​| ​ 1,321  ​|  ​49  | 
-|  **//​Escherichia coli (K12/​W3110)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​12,804  ​|  ​12,801  ​|  ​2,045  ​|  ​ | +|  **//​Escherichia coli (K12/​W3110)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​23,977  ​|  ​23,910  ​|  ​3,440  ​|  ​ | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​171,219  ​|  ​169,594  ​| ​ 3,973  ​|  ​ | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​186,493  ​|  ​184,791  ​| ​ 3,980  ​|  ​ | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​184,023  ​|  ​181,621  ​| ​ 4,063  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​210,470  ​|  ​207,575  ​| ​ 4,174  ​|  ​ | 
-|  **//Felis Catus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​| ​ 1  |  2  |  ​ |+|  **//Felis Catus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​| ​ 1  |  2  |  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​| ​ 1  |  2  |  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​| ​ 1  |  2  |  ​ | 
-|  **//Gallus gallus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​516  ​|  ​439  ​|  ​415  ​|  ​100  |+|  **//Gallus gallus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​563  ​|  ​480  ​|  ​454  ​|  ​118  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  13  |  10  |  15  |  10  | |  :::  |  GENETIC ​ |  13  |  10  |  15  |  10  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​529  ​|  ​448  ​|  ​423  ​|  ​109  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​576  ​|  ​489  ​|  ​462  ​|  ​127  |
 |  **//Glycine max//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  46  |  40  |  45  |  8  | |  **//Glycine max//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  46  |  40  |  45  |  8  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  46  |  40  |  45  |  8  | |  :::  |  COMBINED ​ |  46  |  40  |  45  |  8  |
-|  **//​Hepatitus C Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​268  ​|  ​181  ​|  ​183  ​|  ​47  |+|  **//​Hepatitus C Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​613  ​|  ​492  ​|  ​493  ​|  ​57  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​268  ​|  ​181  ​|  ​183  ​|  ​47  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​613  ​|  ​492  ​|  ​493  ​|  ​57  | 
-|  **//Homo sapiens//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​620,985  ​|  ​471,774  ​|  ​25,420  ​|  ​31,535  | +|  **//Homo sapiens//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,293,309  ​|  ​981,358  ​|  ​28,076  ​|  ​38,357  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​9,121  ​|  ​8,995  ​|  ​3,731  ​|  ​348  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​19,129  ​|  ​18,627  ​|  ​7,480  ​|  ​400  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​630,106  ​|  ​480,066  ​|  ​25,835  ​|  ​31,674  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,312,​438 ​ ​|  ​998,228  ​|  ​28,514  ​|  ​38,531  | 
-|  **//Human Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​269  ​|  ​208  ​|  ​174  ​|  ​50  |+|  **//Human Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​326  ​|  ​250  ​|  ​202  ​|  ​71  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  7  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  6  |  6  |  7  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​275  ​|  ​213  ​|  ​179  ​|  ​50  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​332  ​|  ​255  ​|  ​207  ​|  ​71  |
 |  **//Human Herpesvirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  12  |  6  |  10  |  5  | |  **//Human Herpesvirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  12  |  6  |  10  |  5  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  12  |  6  |  10  |  5  | |  :::  |  COMBINED ​ |  12  |  6  |  10  |  5  |
-|  **//Human Herpesvirus 3//**  |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Human Herpesvirus 3//**  |  PHYSICAL ​ |  ​16  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​16  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ | 
-|  **//Human Herpesvirus 4//**  |  PHYSICAL ​ |  ​429  ​|  ​326  ​|  ​323  ​|  ​47  |+|  **//Human Herpesvirus 4//**  |  PHYSICAL ​ |  ​680  ​|  ​544  ​|  ​505  ​|  ​59  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​429  ​|  ​326  ​|  ​323  ​|  ​47  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​680  ​|  ​544  ​|  ​505  ​|  ​59  | 
-|  **//Human Herpesvirus 5//**  |  PHYSICAL ​ |  ​149  ​|  ​108  ​|  ​121  ​|  ​28  |+|  **//Human Herpesvirus 5//**  |  PHYSICAL ​ |  ​202  ​|  ​134  ​|  ​146  ​|  ​41  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​149  ​|  ​108  ​|  ​121  ​|  ​28  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​202  ​|  ​134  ​|  ​146  ​|  ​41  |
 |  **//Human Herpesvirus 6A//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  11  |  8  |  12  |  7  | |  **//Human Herpesvirus 6A//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  11  |  8  |  12  |  7  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 111: Line 113:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Human Herpesvirus 8//**  |  PHYSICAL ​ |  ​779  ​|  ​693  ​|  ​716  ​|  ​42  |+|  **//Human Herpesvirus 8//**  |  PHYSICAL ​ |  ​1,035  ​|  ​917  ​|  ​904  ​|  ​51  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​779  ​|  ​693  ​|  ​716  ​|  ​42  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,035  ​|  ​917  ​|  ​904  ​|  ​51  | 
-|  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  2,059  ​| ​ 1,339  ​| ​ 1,147  ​|  ​363  |+|  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  2,540  ​| ​ 1,740  ​| ​ 1,446  ​|  ​403  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,060  ​| ​ 1,339  ​| ​ 1,147  ​|  ​364  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,541  ​| ​ 1,740  ​| ​ 1,446  ​|  ​404  | 
-|  **//Human Immunodeficiency Virus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​89  ​| ​ 80  |  63  |  ​13  |+|  **//Human Immunodeficiency Virus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​91  ​| ​ 80  |  63  |  ​14  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​89  ​| ​ 80  |  63  |  ​13  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​91  ​| ​ 80  |  63  |  ​14  | 
-|  **//Human papillomavirus (10)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Human papillomavirus (10)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | 
-|  **//Human papillomavirus (16)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​263  ​|  ​188  ​|  ​175  ​|  ​28  |+|  **//Human papillomavirus (16)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​660  ​|  ​511  ​|  ​484  ​|  ​41  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​263  ​|  ​188  ​|  ​175  ​|  ​28  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​660  ​|  ​511  ​|  ​484  ​|  ​41  | 
-|  **//Human papillomavirus (6b)//**  |  PHYSICAL ​ |  ​20  ​|  ​20  ​|  ​22  ​|  ​ |+|  **//Human papillomavirus (32)//**  |  PHYSICAL ​ |  ​62  ​|  ​58  ​|  ​57  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​20  ​|  ​20  ​|  ​22  ​| ​ 2  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​62  ​|  ​58  ​|  ​57  |  1  | 
 +|  **//Human papillomavirus (5)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  146  |  132  |  128  ​| ​ 2  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  146  |  132  |  128  |  2  | 
 +|  **//Human papillomavirus (6b)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  592  |  581  |  459  |  4  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  592  |  581  |  459  |  4  | 
 +|  **//Human papillomavirus (7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  **//Human papillomavirus (9)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  96  |  87  |  84  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  96  |  87  |  84  |  1  |
 |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Macaca mulatta//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​24  ​|  ​15  ​|  ​19  ​|  ​15  |+|  **//Macaca mulatta//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​316  ​|  ​305  ​|  ​310  ​|  ​19  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​24  ​|  ​15  ​|  ​19  ​|  ​15  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​316  ​|  ​305  ​|  ​310  ​|  ​19  |
 |  **//​Meleagris gallopavo//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  2  |  2  |  1  | |  **//​Meleagris gallopavo//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2  |  2  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  2  |  2  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  2  |  2  |  2  |  1  |
-|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​12  ​|  ​ |+|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,112  ​|  ​1,057  ​|  ​987  ​|  ​65  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​12  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,112  ​|  ​1,057  ​|  ​987  ​|  ​65  |
 |  **//​Monodelphis domestica//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  4  |  2  |  3  |  1  | |  **//​Monodelphis domestica//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  4  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  2  |  3  |  1  |
-|  **//Mus musculus//**  |  PHYSICAL ​ |  ​79,​942 ​ ​|  ​72,​577 ​ ​|  ​15,​949 ​ ​|  ​4,152  | +|  **//Murid Herpesvirus 1//**  |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
-|  :::  |  GENETIC ​ |  388  |  343  |  348  |  197  | +
-|  :::  |  COMBINED ​ |  80,​330 ​ |  72,​842 ​ |  15,​992 ​ |  4,290  | +
-|  **//​Mycobacterium tuberculosis (H37Rv)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  15  |  12  |  15  |  5  |+
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​15  ​|  ​12  ​|  ​15  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​1  | 
-|  **//​Neurospora crassa (OR74A)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​11  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |+|  **//Mus musculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  100,​464 ​ |  91,​760 ​ |  18,​164 ​ |  4,730  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  942  |  894  |  837  |  211  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  101,​406 ​ |  92,​564 ​ |  18,​302 ​ |  4,878  | 
 +|  **//​Mycobacterium tuberculosis (H37Rv)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  24  |  20  |  25  |  7  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  24  |  20  |  25  |  7  | 
 +|  **//Myotis lucifugus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | 
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | 
 +|  **//​Neurospora crassa (OR74A)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​33  ​|  ​32  ​|  ​35  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​11  ​|  ​10  ​|  ​12  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​33  ​|  ​32  ​|  ​35  ​|  ​ |
 |  **//​Nicotiana tomentosiformis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  2  |  1  | |  **//​Nicotiana tomentosiformis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  2  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  2  |  2  |  1  |
-|  **//​Oryctolagus cuniculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​365  ​|  ​322  ​|  ​332  ​|  ​68  |+|  **//​Oryctolagus cuniculus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​385  ​|  ​340  ​|  ​350  ​|  ​74  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​365  ​|  ​322  ​|  ​332  ​|  ​68  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​385  ​|  ​340  ​|  ​350  ​|  ​74  | 
-|  **//Oryza sativa (Japonica)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​346  ​|  ​330  ​|  ​314  ​|  ​21  |+|  **//Oryza sativa (Japonica)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​364  ​|  ​344  ​|  ​328  ​|  ​23  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​348  ​|  ​332  ​|  ​314  ​|  ​21  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​366  ​|  ​346  ​|  ​328  ​|  ​23  |
 |  **//Ovis aries//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Ovis aries//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Pan troglodytes//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//Pan troglodytes//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​49  ​|  ​48  ​|  ​54  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​49  ​|  ​48  ​|  ​54  ​|  ​ | 
-|  **//​Pediculus humanus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//​Pediculus humanus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ | 
-|  **//​Plasmodium falciparum (3D7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,551  ​| ​ 2,510  ​| ​ 1,230  ​|  ​ |+|  **//​Plasmodium falciparum (3D7)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  2,552  ​| ​ 2,511  ​| ​ 1,232  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  2,551  ​| ​ 2,510  ​| ​ 1,230  ​|  ​ | +|  :::  |  COMBINED ​ |  2,552  ​| ​ 2,511  ​| ​ 1,232  ​|  ​ | 
-|  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​8,504  ​|  ​7,251  ​|  ​4,400  ​| ​ 1,242  |+|  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​10,590  ​|  ​9,179  ​|  ​5,085  ​| ​ 1,398  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  19  |  19  |  31  |  12  | |  :::  |  GENETIC ​ |  19  |  19  |  31  |  12  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​8,523  ​|  ​7,261  ​|  ​4,410  ​| ​ 1,245  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​10,609  ​|  ​9,189  ​|  ​5,095  ​| ​ 1,401  |
 |  **//Ricinus communis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  5  |  2  |  3  |  2  | |  **//Ricinus communis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  5  |  2  |  3  |  2  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  5  |  2  |  3  |  2  | |  :::  |  COMBINED ​ |  5  |  2  |  3  |  2  |
-|  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​174,507  ​|  ​116,230  ​| ​ 7,075  ​|  ​9,637  | +|  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​254,940  ​|  ​173,923  ​| ​ 7,189  ​|  ​10,832  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​578,125  ​|  ​442,248  ​| ​ 5,962  ​|  ​9,331  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​596,761  ​|  ​455,496  ​| ​ 5,979  ​|  ​10,429  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​752,632  ​|  ​544,853  ​| ​ 7,330  ​|  ​15,933  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​851,701  ​|  ​611,112  ​| ​ 7,406  ​|  ​17,794  | 
-|  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​17,552  ​|  ​13,121  ​| ​ 3,571  ​| ​ 1,625  | +|  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​19,753  ​|  ​14,967  ​| ​ 3,856  ​| ​ 1,722  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  62,311  ​| ​ 52,445  ​| ​ 3,627  ​| ​ 2,003  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  62,829  ​| ​ 52,859  ​| ​ 3,653  ​| ​ 2,075  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​79,863  ​|  ​64,424  ​| ​ 4,651  ​|  ​2,874  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​82,582  ​|  ​66,627  ​| ​ 4,759  ​|  ​3,023  |
 |  **//​Selaginella moellendorffii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  8  |  6  |  5  |  1  | |  **//​Selaginella moellendorffii//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  8  |  6  |  5  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  2  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  10  |  8  |  6  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  10  |  8  |  6  |  1  |
-|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​496  ​|  ​311  ​|  ​188  ​|  ​86  |+|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​2,456  ​|  ​1,934  ​|  ​1,547  ​|  ​289  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​496  ​|  ​311  ​|  ​188  ​|  ​86  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,456  ​|  ​1,934  ​|  ​1,547  ​|  ​289  | 
-|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​414  ​|  ​364  ​|  ​371  ​|  ​36  |+|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHYSICAL ​ |  ​40,​742 ​ ​|  ​27,​157 ​ ​|  ​7,047  ​|  ​1,290  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​414  ​|  ​364  ​|  ​371  ​|  ​36  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​40,​742 ​ ​|  ​27,​157 ​ ​|  ​7,047  ​|  ​1,290  | 
-|  **//Simian Immunodeficiency Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​34  ​|  ​16  ​|  ​19  ​|  ​16  |+|  **//Simian Immunodeficiency Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​37  ​|  ​18  ​|  ​21  ​|  ​18  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​34  ​|  ​16  ​|  ​19  ​|  ​16  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​37  ​|  ​18  ​|  ​21  ​|  ​18  | 
-|  **//Simian Virus 40//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  **//Simian Virus 40//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​18  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​13  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​18  ​|  ​ ​|  ​ ​|  ​13  |
 |  **//Solanum lycopersicum//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  137  |  107  |  44  |  8  | |  **//Solanum lycopersicum//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  137  |  107  |  44  |  8  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  4  |  4  |  4  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  4  |  4  |  4  |  1  |
Line 207: Line 227:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  5  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  3  |  3  |  5  |  3  |
 +|  **//Sorghum bicolor//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 +|  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  16  |  9  |  6  |  1  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  16  |  9  |  6  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 213: Line 236:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  17  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  17  |  16  |  17  |  3  |
-|  **//Sus scrofa//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​94  ​|  ​88  ​|  ​106  ​|  ​35  |+|  **//Sus scrofa//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​118  ​|  ​105  ​|  ​126  ​|  ​46  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​94  ​|  ​88  ​|  ​106  ​|  ​35  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​118  ​|  ​105  ​|  ​126  ​|  ​46  |
 |  **//Tobacco Mosaic Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  3  |  1  | |  **//Tobacco Mosaic Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  3  |  2  |  3  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
Line 222: Line 245:
 |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  GENETIC ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  4  |  4  |  4  | |  :::  |  COMBINED ​ |  4  |  4  |  4  |  4  |
-|  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​18  ​|  ​10  ​|  ​13  ​|  ​ |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​12  ​|  ​ ​|  ​10  ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​18  ​|  ​10  ​|  ​13  ​|  ​ |
 |  **//Vitis vinifera//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Vitis vinifera//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  | |  :::  |  COMBINED ​ |  1  |  1  |  2  |  1  |
-|  **//Xenopus laevis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​1,421  ​|  ​1,256  ​| ​ 1,152  ​|  ​233  |+|  **//Xenopus laevis//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  ​2,453  ​|  ​2,058  ​| ​ 1,581  ​|  ​273  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  7  |  7  |  10  |  3  | |  :::  |  GENETIC ​ |  7  |  7  |  10  |  3  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,428  ​|  ​1,263  ​| ​ 1,162  ​|  ​236  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,460  ​|  ​2,065  ​| ​ 1,590  ​|  ​276  |
 |  **//Zea mays//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  13  |  21  |  9  | |  **//Zea mays//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  18  |  13  |  21  |  9  |
 |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  | |  :::  |  GENETIC ​ |  0  |  0  |  0  |  0  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  13  |  21  |  9  | |  :::  |  COMBINED ​ |  18  |  13  |  21  |  9  |
-|  **//All Organisms//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,032,580  ​|  ​795,532  ​|  ​74,653  ​|  ​51,037  | +|  **//All Organisms//​** ​ |  PHYSICAL ​ |  1,886,614  ​|  ​1,453,386  ​|  ​86,588  ​|  ​61,717  | 
-|  :::  |  GENETIC ​ |  ​838,444  ​|  ​686,376  ​|  ​22,150  ​|  ​16,382  | +|  :::  |  GENETIC ​ |  ​884,315  ​|  ​726,051  ​|  ​26,604  ​|  ​17,870  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,871,024  ​|  ​1,464,100  ​|  ​79,247  ​|  ​62,290  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​2,770,929  ​|  ​2,155,326  ​|  ​89,454  ​|  ​73,933  |
  
 ===== Chemical Interaction Statistics ===== ===== Chemical Interaction Statistics =====
Line 245: Line 268:
 |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  5  |  2  |  2  |  3  |  2  | |  **//​Escherichia coli (K12)//​** ​ |  5  |  2  |  2  |  3  |  2  |
 |  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  1,590  |  834  |  287  |  137  |  583  | |  **//​Escherichia coli (K12/​MG1655)//​** ​ |  1,590  |  834  |  287  |  137  |  583  |
-|  **//Homo sapiens//​** ​ |  ​25,841  ​|  ​10,854  ​| ​ 2,183  ​|  ​8,944  ​|  ​4,593  |+|  **//Homo sapiens//​** ​ |  ​28,619  ​|  ​12,296  ​| ​ 2,294  ​|  ​9,543  ​|  ​5,854  |
 |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  65  |  24  |  3  |  24  |  21  | |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  65  |  24  |  3  |  24  |  21  |
 |  **//Human Herpesvirus 4//**  |  10  |  3  |  3  |  6  |  3  | |  **//Human Herpesvirus 4//**  |  10  |  3  |  3  |  6  |  3  |
 |  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  105  |  53  |  2  |  48  |  53  | |  **//Human Immunodeficiency Virus 1//**  |  105  |  53  |  2  |  48  |  53  |
 |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  8  |  4  |  1  |  2  |  4  | |  **//​Leishmania major (Friedlin)//​** ​ |  8  |  4  |  1  |  2  |  4  |
 +|  **//​Middle-East Respiratory Syndrome-related Coronavirus//​** ​ |  18  |  18  |  5  |  12  |  18  |
 |  **//Mus musculus//​** ​ |  2  |  1  |  1  |  2  |  1  | |  **//Mus musculus//​** ​ |  2  |  1  |  1  |  2  |  1  |
 |  **//​Mycobacterium tuberculosis (CDC1551)//​** ​ |  3  |  3  |  3  |  1  |  3  | |  **//​Mycobacterium tuberculosis (CDC1551)//​** ​ |  3  |  3  |  3  |  1  |  3  |
Line 257: Line 281:
 |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  2  |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  2  |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  7  |  7  |  2  |  2  |  7  | |  **//​Saccharomyces cerevisiae (S288c)//​** ​ |  7  |  7  |  2  |  2  |  7  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus//​** ​ |  30  |  30  |  7  |  22  |  29  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  225  |  214  |  12  |  125  |  198  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  82  |  72  |  8  |  11  |  29  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA255)//​** ​ |  82  |  72  |  8  |  11  |  29  |
 |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA334)//​** ​ |  61  |  26  |  10  |  18  |  19  | |  **//​Streptococcus pneumoniae (ATCCBAA334)//​** ​ |  61  |  26  |  10  |  18  |  19  |
 |  **//​Synechococcus elongatus (PCC6301)//​** ​ |  4  |  2  |  1  |  2  |  2  | |  **//​Synechococcus elongatus (PCC6301)//​** ​ |  4  |  2  |  1  |  2  |  2  |
 |  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  21  |  11  |  2  |  3  |  11  | |  **//​Vaccinia Virus//​** ​ |  21  |  11  |  2  |  3  |  11  |
-|  **//All Organisms//​** ​ |  ​28,093  ​|  ​12,015  ​| ​ 2,572  ​| ​ 9,219  ​|  ​5,173  |+|  **//All Organisms//​** ​ |  ​31,144  ​|  ​13,719  ​| ​ 2,707  ​| ​ 9,952  ​|  ​6,597  |
  
 ===== Post Translational Modification (PTM) Statistics ===== ===== Post Translational Modification (PTM) Statistics =====
Line 282: Line 308:
 |  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  1  | |  **//​Drosophila melanogaster//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  1  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 7  |  ​ ​|  ​ ​|  ​ | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​3,534  ​|  ​3,534  ​| ​ 7  |  ​3,343  ​|  ​1,045  ​|  ​ | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 11  |  ​ ​|  ​ ​|  ​ |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​3,534  ​|  ​3,534  ​| ​ 11  |  ​3,343  ​|  ​1,047  ​|  ​ |
 |  **//Gallus gallus//​** ​ |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Gallus gallus//​** ​ |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
Line 292: Line 318:
 |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  | |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  |
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  28  |  0  |  28  |  7  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  28  |  0  |  28  |  7  |
-|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 1,093  |  0  |  ​903  ​|  ​75  |+|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​2,835  ​|  ​2,835  ​| ​ 1,093  ​| ​ 1,605  |  1,282  |  76  | 
 +|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  49,​613 ​ |  45,​405 ​ ​| ​ 0  |  ​14,​434 ​ |  4,597  ​|  ​ |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  4,392  |  0  |  2,317  |  330  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  4,392  |  0  |  2,317  |  330  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​705,673  ​|  ​383,699  ​| ​ 39,​038 ​ |  ​54,962  ​|  ​11,895  ​| ​ 3,118  | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​901,514  ​|  ​436,834  ​| ​ 39,​038 ​ |  ​62,095  ​|  ​12,523  ​| ​ 3,125  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​705,673  ​|  ​383,699  ​| ​ 45,​249 ​ |  ​54,962  ​|  ​12,022  ​| ​ 3,408  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​953,962  ​|  ​485,074  ​| ​ 45,​249 ​ |  ​63,685  ​|  ​13,034  ​| ​ 3,417  |
 |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Human Herpesvirus 1//**  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  3  |  4  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  3  |  4  |
Line 314: Line 341:
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  43  |  0  |  42  |  2  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  43  |  0  |  42  |  2  |
 |  :::  |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  7  |  0  |  6  |  5  | |  :::  |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  7  |  0  |  6  |  5  |
-|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 49  |  ​ ​|  ​41  ​|  ​39  |+|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​222  ​|  ​222  ​| ​ 49  |  ​173  ​|  ​208  ​|  ​40  |
 |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  34,​482 ​ |  34,​482 ​ |  737  |  13,​810 ​ |  3,872  |  444  | |  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  34,​482 ​ |  34,​482 ​ |  737  |  13,​810 ​ |  3,872  |  444  |
 |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  | |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  34,482  ​| ​ 34,482  ​| ​ 847  |  13,810  ​|  ​3,901  ​|  ​484  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  34,704  ​| ​ 34,704  ​| ​ 847  |  13,929  ​|  ​4,009  ​|  ​485  |
 |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  | |  **//Rattus norvegicus//​** ​ |  NEDDYLATION ​ |  0  |  0  |  1  |  0  |  1  |  1  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  6  |  0  |  6  |  6  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  6  |  0  |  6  |  6  |
Line 325: Line 352:
 |  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  42,​907 ​ |  19,​981 ​ |  0  |  3,165  |  3,165  |  528  | |  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  42,​907 ​ |  19,​981 ​ |  0  |  3,165  |  3,165  |  528  |
 |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1,438  |  0  |  818  |  67  | |  :::  |  SUMOYLATION ​ |  0  |  0  |  1,438  |  0  |  818  |  67  |
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​34,338  ​| ​ 20,019  ​| ​ 9,736  |  2,549  ​| ​ 3,678  ​|  ​215  | +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​35,651  ​| ​ 20,308  ​| ​ 9,736  |  2,574  ​| ​ 3,686  ​|  ​216  | 
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​77,245  ​| ​ 40,000  ​| ​ 11,​184 ​ |  3,918  ​| ​ 4,499  ​|  ​802  |+|  :::  |  COMBINED ​ |  ​78,558  ​| ​ 40,289  ​| ​ 11,​184 ​ |  3,928  ​| ​ 4,501  ​|  ​803  |
 |  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  | |  **//​Schizosaccharomyces pombe (972h)//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  | |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  4  |  0  |  4  |  3  |
 +|  **//Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2//**  |  PHOSPHORYLATION ​ |  79  |  50  |  0  |  6  |  4  |  3  |
 +|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  106  |  106  |  0  |  20  |  9  |  1  |
 +|  :::  |  COMBINED ​ |  185  |  156  |  0  |  20  |  9  |  4  |
 |  **//Xenopus laevis//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  **//Xenopus laevis//​** ​ |  UBIQUITINATION ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
 |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  | |  :::  |  COMBINED ​ |  0  |  0  |  2  |  0  |  2  |  2  |
Line 334: Line 364:
 |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  | |  :::  |  FAT10YLATION ​ |  0  |  0  |  696  |  0  |  659  |  5  |
 |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  71  |  0  |  70  |  8  | |  :::  |  ISGYLATION ​ |  0  |  0  |  71  |  0  |  70  |  8  |
-|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 1,113  |  ​ ​|  ​916  ​|  ​84  | +|  :::  |  NEDDYLATION ​ |  ​2,835  ​|  ​2,835  ​| ​ 1,113  |  ​1,605  ​|  ​1,295  ​|  ​85  | 
-|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  ​42,907  ​|  ​19,981  ​| ​ 0  |  ​3,165  ​|  ​3,165  ​|  ​528  | +|  :::  |  PHOSPHORYLATION ​ |  ​92,599  ​|  ​65,436  ​| ​ 0  |  ​17,605  ​|  ​7,766  ​|  ​532  | 
-|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​ ​|  ​ ​| ​ 5,898  |  ​ ​| ​ 3,195  ​|  ​433  | +|  :::  |  SUMOYLATION ​ |  ​222  ​|  ​222  ​| ​ 5,898  |  ​173  ​| ​ 3,362  ​|  ​434  | 
-|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​774,493  ​|  ​438,200  ​| ​ 49,​605 ​ |  ​71,321  ​|  ​19,522  ​| ​ 3,741  |+|  :::  |  UBIQUITINATION ​ |  ​975,287  ​|  ​495,264  ​| ​ 49,​605 ​ |  ​81,842  ​|  ​21,205  ​| ​ 3,750  |
 |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  | |  :::  |  UFMYLATION ​ |  0  |  0  |  10  |  0  |  10  |  1  |
-|  :::  |  COMBINED ​ |  ​817,400  ​|  ​458,181  ​| ​ 57,​396 ​ |  ​72,690  ​|  ​20,513  ​| ​ 4,643  | +|  :::  |  COMBINED ​ |  ​1,070,​943 ​ ​|  ​563,757  ​| ​ 57,​396 ​ |  ​84,905  ​|  ​22,682  ​| ​ 4,656  |
  
 **Note:** Individual organism counts listed above may total to more than the values in ALL Organisms due to some interactions being counted multiple times due to cross species interactions. **Note:** Individual organism counts listed above may total to more than the values in ALL Organisms due to some interactions being counted multiple times due to cross species interactions.
 ====== Previous Build Statistics ====== ====== Previous Build Statistics ======
 +==== 2024 Updates ==== 
 +  * **[[Build 4.4.233]]**
 +  * **[[Build 4.4.232]]**
 +  * **[[Build 4.4.231]]**
 +  * **[[Build 4.4.230]]**
 +  * **[[Build 4.4.229]]**
 +
 +==== 2023 Updates ==== 
 +  * **[[Build 4.4.228]]**
 +  * **[[Build 4.4.227]]**
 +  * **[[Build 4.4.226]]**
 +  * **[[Build 4.4.225]]**
 +  * **[[Build 4.4.224]]**
 +  * **[[Build 4.4.223]]**
 +  * **[[Build 4.4.222]]**
 +  * **[[Build 4.4.221]]**
 +  * **[[Build 4.4.220]]**
 +  * **[[Build 4.4.219]]**
 +  * **[[Build 4.4.218]]**
 +  * **[[Build 4.4.217]]**
 +
 +==== 2022 Updates ==== 
 +  * **[[Build 4.4.216]]**
 +  * **[[Build 4.4.215]]**
 +  * **[[Build 4.4.214]]**
 +  * **[[Build 4.4.213]]**
 +  * **[[Build 4.4.212]]**
 +  * **[[Build 4.4.211]]**
 +  * **[[Build 4.4.210]]**
 +  * **[[Build 4.4.209]]**
 +  * **[[Build 4.4.208]]**
 +  * **[[Build 4.4.207]]**
 +  * **[[Build 4.4.206]]**
 +  * **[[Build 4.4.205]]**
 +
 +==== 2021 Updates ==== 
 +  * **[[Build 4.4.204]]**
 +  * **[[Build 4.4.203]]**
 +  * **[[Build 4.4.202]]**
 +  * **[[Build 4.4.201]]**
 +  * **[[Build 4.4.200]]**
 +  * **[[Build 4.4.199]]**
 +  * **[[Build 4.4.198]]**
 +  * **[[Build 4.4.197]]**
 +  * **[[Build 4.3.196]]**
 +  * **[[Build 4.3.195]]**
 +  * **[[Build 4.3.194]]**
 +  * **[[Build 4.2.193]]**
 +
 ==== 2020 Updates ====  ==== 2020 Updates ==== 
 +  * **[[Build 4.2.192]]**
 +  * **[[Build 4.2.191]]**
 +  * **[[Build 4.1.190]]**
 +  * **[[Build 4.0.189]]**
 +  * **[[Build 3.5.188]]**
 +  * **[[Build 3.5.187]]**
   * **[[Build 3.5.186]]**   * **[[Build 3.5.186]]**
   * **[[Build 3.5.185]]**   * **[[Build 3.5.185]]**
 
statistics.1590987535.txt.gz · Last modified: 2020/06/01 00:58 by biogridadmin